Még 2024 előtt elindítaná a Flixbus legelső, nagy távolságú utasszállításra tervezett hidrogén-üzemanyagcellás buszát. Az úgynevezett HyFleet projektben az intermodális közlekedési technológiával foglalkozó FlixMobility cégcsoport és partnerei, a Freudenberg Fuel Cell e-Power Systems és a ZF Friedrichshafen AG egy olyan üzemanyagcellás hajtásrendszer kifejlesztésén dolgoznak össze, amely képes kiváltani a dízeles hajtásrendszert, és ezáltal szén-dioxid és káros anyag kibocsátása nélkül biztosíthat utazási lehetőséget az ügyfeleknek Európában.

A Flixbus már 2019-ben bejelentette, hogy üzemanyagcellás buszokkal kívánja zöldíteni flottáját, akkor a fejlesztési projekt céljaként olyan elvárásokat fogalmazott meg partnereivel, mint hogy a hidrogénbuszok teljesítményjellemzői (például a gyorsulás) semmiképp sem lehetnek rosszabbak, mint az Euro IV szabványt teljesítő dízelbuszoké, legalább 500 kilométert meg kell tudniuk tenni egy utántöltéssel, ami nem vehet igénybe 20 percnél hosszabb időt. Hogy a most bejelentett HyFleet projekt hogyan kapcsolódik ehhez a projekthez, arról nem tesznek említést a felek.

A Flixbus – mely több mint 4000 távolsági buszt üzemeltet – akkumulátoros elektromos járművekkel is próbálkozott, de rövid időn belül megszűnt a zéró emissziós vonal Frankfurt és Mannheim között. Emellett napelemet is tesztelnek a vállalat járművei fogyasztásának csökkentése érdekében.